25 đội bóng tham dự vòng loại từ ngày 29/5 đến ngày 17/6/2007.

• Bảng A: Do Sở Thể dục Thể thao Nam Định làm bảng trưởng, gồm 9 đội: Đạm Phú Mỹ Nam Định, Halida Thanh Hoá, Hà Tĩnh, Quân khu 4, Thể Công Viettel, T&T Hà Nội, Trung tâm bóng đá Hải Phòng, Vĩnh Phúc và Quảng Ninh - Thi đấu từ 29/5 đến 8/6.
• Bảng B: Do Sở Thể dục Thể thao Đà Nẵng làm bảng trưởng, gồm 8 đội: Đà Nẵng, Bình Định, ĐắkLắk, Huda Huế, Khánh Hoà, Phú Yên, Quảng Ngãi và VST - Thi đấu từ 31/5 đến 11/6.
• Bảng C: Do Sở Sở Thể dục Thể thao Bình Dương làm bảng trưởng, gồm 8 đội: Becamex Bình Dương, Cà Mau, Cần Thơ, Quân khu 7, Tây Ninh, Tiền Giang, Ninh Thuận và Bình Thuận - Thi đấu từ 9/6 đến 17/6.

Các đội tại mỗi bảng sẽ tranh tài từ 20/5 đến 17/6/2007, chọn 2 đội xếp nhất, nhì tại mỗi bảng vào thi đấu tại Vòng chung kết cùng với Đương kim vô địch U17 Sông Lam Nghệ An và chủ nhà U17 Thành phố Hồ Chí Minh. Tại Vòng chung kết, 8 đội bóng sẽ được chia thành 2 nhóm A & B, mỗi nhóm 4 đội thi đấu vòng tròn 1 lượt để tính điểm xếp hạng. Hai đội xếp nhất nhì tại mỗi nhóm sẽ giành quyền thi đấu tại Bán kết.[3]